O Museu Borghese que guarda a coleção de antiguidades foi começado por Scipione Borghese, neto do papa Paolo V Borghese, que em 1608 comprou as estátuas do palácio Ceoli (hoje Sacchetti) e recebeu do próprio Paolo V as esculturas que estavam no pátio da basílica se São Pedro antes da reforma da fachada.
A coleção se encontra no “Casino Borghese” projetado por Flaminio Ponzio entre 1608 e 1613 e concluído por Giovanni Vasanzio em 1617. Mais edifícios próximos, tais como a “Uccelliera”(passareira) e a “Meridiana” foram completados por Giovanni Vasanzio e outros foram acrescentados por Carlo Rainaldi no final do século XVII.
O aspecto atual do interior representa as indicações de Marcantonio IV Borghese que, nas últimas décadas do século XVIII, incumbiu a realização ao Antonio Asprucci, que solicitou a cooperação de inúmeros artistas presentes em Roma na época.
A coleção hodierna procede do acervo das esculturas do palácio Borghese em Campo Marzio e nas mansões extraurbanas. Umas peças são parte integrante da estrutura arquitetônica. A adquisição dos quadros iniciou pelo cardeal neto Scipione Caffarelli Borghese de várias formas. Em 1607, por exemplo, confiscou quase cem pinturas do Cavalier D’Arpino, ainda em 1607 comprou a coleção do patriarca de Aquileia e um ano depois, umas telas do cardeal Sfrondato, entre elas o “Amor Sacro e o Amor Profano” por Tiziano.
Ao lado das esculturas clássicas o Cardeal Scipione quis colocar obras em mármore mais modernas e encomendou ao Gian Lorenzo Bernini a “Capra Amaltea” o “Enea e Anchise” o “Ratto di Proserpina” o “David” o “Apollo e Dafne” todas realizadas entre 1615 e 1623.
Devido a uma instituição jurídica chamada “fideicomisso” a coleção permaneceu íntegra até o fim do século XVIII. Quando Napoleone Bonaparte, cuja irmã Paolina casou o príncipe Camillo, forçou a venda das obras, muitas foram desmontadas e levadas para Paris ao Museu do Louvre.
Em seguida o príncipe Camillo adquiriu mais obras tais quais a “Paolina Borghese ” por Antonio Canova e a “Danae” por Correggio.
Em 1902 o Museu e a Galeria Borghese, assim como o parque, foram comprados pelo Estado da Itália.